Na área de saúde a ABBA deu início a mais um projeto em 2004: a Clínica Ágape. A ABBA já atuava na área de saúde através de campanhas preventivas e educativas em combate às doenças. A Clínica conta com o atendimento dos seguintes profissionais: psicólogos, psico- pedagogos, fonaudiólogos, fisioterapeutas, oftalmologista.

Essa equipe de profissionais da saúde mais a equipe pedagógica do Colégio Batista Ágape, juntos trabalham como uma equipe multidiciplinar no atendimento e diagnostico de crianças TDAH (com transtorno do déficit de atençaão e hiperatividade), dislexia, discalculia, síndromes diversas, Autismo, entre outros, que interferem no ensino- aprendizagem.